통합투자세액공제는 기계장치 같은 사업용 설비에 투자한 개인사업자·법인이 투자액의 일정 비율을 그해 소득세·법인세에서 빼는 세액공제로, 조세특례제한법상 중소기업이 일반 설비를 사면 기본공제율이 10%입니다. 같은 해에 중소기업 특별세액감면이나 창업중소기업 세액감면도 받을 수 있다면 셋 중 하나만 고를 수 있어, 연말에 설비를 들이기 전 어느 쪽 금액이 큰지가 판단 기준이 됩니다.
📌 3줄 핵심 요약
- 대상: 소비성서비스업·부동산임대업을 뺀 업종의 개인사업자·법인이 새 기계장치 등 사업용 설비에 투자한 경우(중고품 제외)
- 공제율: 통합투자세액공제 기본공제율은 중소기업 기준 일반 설비 10%·신성장 시설 12%·국가전략기술 시설 25%(2029년까지 투자분)이고, 직전 3년 연평균 투자액을 넘긴 금액의 10%를 추가 세액공제(기본공제의 2배 한도)
- 신청: 다음 해 소득세·법인세 신고 때 세액공제신청서 제출, 같은 해 중소기업 특별세액감면과는 하나만 선택 (2026년 11월 기준)
통합투자세액공제는 어떤 사업자의 어떤 설비에 주나요?
통합투자세액공제는 소비성서비스업과 부동산임대 및 공급업을 뺀 업종의 개인사업자·법인이 새 기계장치 등 사업용 유형자산에 투자했을 때 받습니다(조세특례제한법 시행령, 2026년 9월 18일 시행본). 개인사업자는 사업소득에 대한 소득세에서만 빼고, 법인은 법인세에서 뺍니다. 중고품과 임대할 목적으로 산 자산은 공제 대상이 아닙니다.
토지와 건축물, 차량·운반구, 공구·기구·비품, 선박·항공기처럼 조세특례제한법 시행규칙 별표 1(건축물 등 사업용 유형자산)에 오른 자산은 원칙적으로 빠집니다. 다만 업종별 예외가 있어 운수업이 주업인 중소기업의 사업용 차량(자가용 승용차 제외), 건설업의 기계장비, 도매·소매·물류업의 유통산업합리화시설은 대상에 들어갑니다. 새 기계를 사면서 낸 부가가치세는 이 공제와 별개로 설비투자 부가가치세 조기환급으로 앞당겨 돌려받을 수 있는 대상입니다.
주택을 세놓는 사업은 부동산임대업이라 통합투자세액공제 대상 업종이 아닙니다. 주택 임대소득에 붙는 감면은 소형주택 임대사업자 세액감면처럼 별도 규정으로 따로 판정합니다.
💡 알아두세요 신성장·원천기술 시설과 국가전략기술 시설은 연구개발세액공제기술심의위원회 심의를 거쳐 재정경제부·산업통상부 장관이 공동으로 인정한 시설만 높은 공제율을 받습니다. 인정을 받지 않은 대부분의 소상공인 설비는 일반 설비 공제율로 계산합니다.
중소기업이 일반 설비를 사면 공제율은 몇 %인가요?
통합투자세액공제의 기본공제율은 중소기업이 일반 설비에 투자하면 투자액의 10%이고, 중견기업은 5%, 그 밖의 기업은 1%입니다(조세특례제한법 제24조, 2026년 9월 18일 시행본). 국가전략기술 시설과 반도체 시설의 공제율은 2029년 12월 31일까지 투자한 분에 적용됩니다.
| 투자 자산(기본공제율) | 중소기업 | 중견기업 | 그 외 기업 |
|---|---|---|---|
| 일반 사업용 설비 | 10% | 5% | 1% |
| 신성장·원천기술 시설 | 12% | 6% | 3% |
| 국가전략기술 시설(2029년까지) | 25% | 15% | 15% |
| 반도체 국가전략기술 시설(2029년까지) | 30% | 20% | 20% |
표의 중견기업 열은 중소기업에서 처음 벗어난 뒤 3년 이내에 끝나는 과세연도를 뺀 값입니다. 그 기간에는 일반 설비 7.5%·신성장 9%·국가전략 20%·반도체 25%로 중소기업과 중견기업 사이의 공제율이 따로 적용됩니다(조세특례제한법 제24조).
직전 3년보다 더 투자하면 추가공제가 붙나요?
통합투자세액공제는 올해 투자액이 직전 3년간 연평균 투자금액을 넘으면, 넘은 금액의 10%를 기본공제에 더해 줍니다(조세특례제한법 제24조). 이 추가공제율은 기업 규모와 자산 종류에 관계없이 같습니다.
사업을 시작한 지 36개월이 안 됐다면 그동안 투자한 금액의 합계를 36개월로 환산해 3년 합계로 봅니다(조세특례제한법 시행령). 직전 3년 연평균 투자금액 자체가 없으면 추가공제 금액도 없는 것으로 보므로, 올해 처음 설비를 산 신규 사업자는 기본공제만 받습니다.
12월 31일까지 무엇을 마쳐야 올해 투자로 잡히나요?
12월 결산 사업자의 통합투자세액공제는 12월 31일까지 실제로 지출한 금액과 작업진행률로 계산한 금액 중 큰 금액이 올해 투자금액이 됩니다(조세특례제한법 시행령). 계약만 하고 대금을 치르지 않았고 설치도 진행되지 않았다면 올해 투자금액으로 잡을 금액이 없습니다.
조세특례제한법 제24조 제2항에 따라 투자가 두 과세연도 이상에 걸치면 해마다 그해 투자한 금액에 대해 따로 공제를 계산합니다. 예를 들어 12월에 계약금 30%를 내고 다음 해 2월에 잔금을 치르면, 올해는 계약금(또는 작업진행률 금액이 더 크면 그 금액)이, 다음 해에는 나머지가 각각 투자금액입니다.
재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 세제개편안에는 기본공제율에 수도권 1.0부터 지방 우대지역 1.5까지의 지역별 계수를 곱하는 방안이 담겼다고 한국세정신문이 보도했습니다(재정경제부 2026년 8월 3일 발표, 언론 보도 기준). 정부안 단계로 보도된 내용이어서 국회에서 확정되고 적용 시기가 정해지기 전까지는 현행 조문으로 계산합니다.
5,000만원 설비를 사면 세금이 얼마나 줄어드나요?
중소기업 개인사업자가 올해 일반 설비에 5,000만원을 쓰고 직전 3년 연평균 투자가 2,000만원이면 통합투자세액공제는 800만원으로 계산됩니다. 산식은 5,000만원 × 10% + (5,000만원 − 2,000만원) × 10% = 500만원 + 300만원 = 800만원이고, 조세특례제한법 제24조의 중소기업 일반 설비 공제율을 적용하고 다른 감면·세액공제를 받지 않는다는 전제입니다.
추가공제에는 상한이 있습니다. 조세특례제한법 제24조는 “추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다”고 정합니다. 앞 계산례에 대입하면 상한은 기본공제 500만원의 2배인 1,000만원이어서, 추가공제 300만원은 그 안에 들어갑니다.
계산된 800만원을 그해에 전부 빼지 못할 수도 있습니다. 통합투자세액공제는 최저한세 적용 대상이라, 개인사업자는 공제 뒤 세액이 공제 전 사업소득 산출세액의 35%(산출세액 3천만원 이하 부분, 초과분은 45%)보다 작아지면 그 차이만큼 공제하지 않습니다. 사업소득 산출세액이 1,000만원이면 최저한세는 350만원이므로 올해는 650만원만 빼고, 남은 150만원은 다음 과세연도부터 10년 안에 이월해 공제합니다(조세특례제한법 최저한세·이월공제 규정). 중소기업 법인의 최저한세율은 과세표준의 7%입니다.
중소기업 특별세액감면과 통합투자세액공제, 같은 해에 둘 다 받나요?
아니요. 같은 과세연도에 통합투자세액공제와 중소기업 특별세액감면을 동시에 적용받을 수 있는 경우 둘 중 하나만 선택합니다. 중복지원 배제 조항인 조세특례제한법 제127조 제4항은 두 규정이 함께 적용될 수 있는 경우 “그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다”고 정합니다.
비교 대상인 중소기업 특별세액감면은 세액에 감면율을 곱하고, 통합투자세액공제는 투자액에 공제율을 곱합니다. 그래서 설비 투자가 큰 해에는 투자 쪽 금액이, 투자가 작은 해에는 감면 쪽 금액이 커지는 구조입니다.
| 구분 | 통합투자세액공제 | 중소기업 특별세액감면 |
|---|---|---|
| 계산 기준 | 설비 투자액 | 감면 업종 사업장 소득의 세액 |
| 비율 | 중소기업 일반 설비 10% + 추가공제 | 업종·규모·지역별 5~30% |
| 한도 | 추가공제만 기본공제의 2배 | 1억원(근로자 감소 시 1명당 500만원 축소) |
출처: 통합투자세액공제 — 조세특례제한법 제24조 / 중소기업 특별세액감면 — 같은 법 중소기업 특별세액감면 조항(2026년 9월 18일 시행본)
같은 제한이 창업 초기 사업자에게도 적용됩니다. 창업중소기업 세액감면을 받는 과세연도에도 통합투자세액공제와는 하나만 고르며, 감면받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하고 그 밖의 사업에 공제가 적용되는 경우에는 중복지원으로 보지 않는 예외가 있습니다(같은 조 제10항).
통합투자세액공제를 받은 설비를 2년 안에 다른 데 쓰면 어떻게 되나요?
공제받은 세액에 이자상당가산액을 더해 소득세·법인세로 다시 냅니다. 조세특례제한법은 투자완료일부터 5년 안에서 시행령이 정한 기간 안에 그 자산을 다른 목적으로 전용하면 공제액을 토해 내도록 정하고 있습니다.
기간은 자산마다 다릅니다. 조세특례제한법 시행령은 일반 설비에 대해 “제1호부터 제3호까지 외의 사업용자산: 2년”이라고 정하고, 건축물·구축물은 5년, 신성장·국가전략기술 사업화시설 중 다른 제품 생산에도 함께 쓰는 시설은 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지로 둡니다. 함께 쓰는 시설은 그 기간 동안 전체 생산량 중 해당 기술 제품 비율이 50% 이하이면 전용한 것으로 봅니다.
지난해 빠뜨린 통합투자세액공제는 경정청구로 되찾을 수 있나요?
예. 신고 때 통합투자세액공제를 넣지 않았다면 경정청구로 공제액을 되찾을 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제1항은 신고서에 적힌 금액이 “세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때”를 경정청구 사유로 둡니다(국세기본법, 2026년 10월 2일 시행본).
청구 기한은 사업자 유형별 법정신고기한에서 셉니다. 5월에 종합소득세를 신고하는 개인사업자는 그해 5월 31일(성실신고확인대상은 6월 30일)이 지난 뒤 5년, 12월 결산 법인은 다음 해 3월 31일이 지난 뒤 5년 안에 청구합니다(국세기본법 제45조의2, 소득세법·법인세법 신고기한). 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 합니다.
법정신고기한까지 신고를 아예 하지 않았다면 경정청구 전에 기한후신고부터 해야 청구 자격이 생깁니다. 홈택스 청구 화면 순서는 경정청구 신청 방법에 정리돼 있습니다.
신청할 때 무엇을 준비하나요?
통합투자세액공제를 받으려면 과세표준신고서와 함께 세액공제신청서를 관할 세무서장에게 내야 합니다(조세특례제한법 시행령). 신고서에 붙이는 서류는 신청서이고, 나머지는 세무서가 확인을 요청할 때 내놓을 수 있도록 보관해 두는 증빙입니다.
- 세액공제신청서(통합투자세액공제 서식) — 신고서와 함께 제출
- 설비 매입 세금계산서·계약서·대금 지급 내역 — 지출 시점이 12월 31일 이전인지 확인용
- 설비 설치·검수 확인 자료 — 작업진행률로 투자금액을 계산할 때 필요
- 직전 3년간 연도별 투자 내역 — 추가공제의 연평균 투자금액 계산용
- 신성장·국가전략기술 시설이면 공동 인정 관련 서류
통합투자세액공제 신청 순서
통합투자세액공제는 투자한 다음 해 신고 기간에 홈택스에서 신고서와 함께 신청하며, 개인사업자는 5월 1~31일(성실신고확인대상은 6월 30일까지), 12월 결산 법인은 3월 31일까지입니다(소득세법·법인세법 신고기한, 2026년 11월 기준).
- 올해 설비 투자액과 직전 3년 연평균 투자금액을 정리해 기본공제·추가공제를 계산합니다.
- 같은 해 받을 수 있는 중소기업 특별세액감면·창업중소기업 세액감면 금액도 함께 계산해 둡니다.
- 최저한세에 걸려 남는 공제액이 있으면 이월공제 금액으로 따로 기록해 둡니다.
- 신고 기간에 홈택스 종합소득세·법인세 신고 화면에서 세액공제신청서를 작성해 신고서와 함께 제출합니다.
- 공제받은 설비는 사후관리 기간이 끝날 때까지 원래 사업 목적에 맞게 사용합니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 업무용 소프트웨어를 사도 통합투자세액공제를 받나요?
A. 네, 중소기업이 해당 업종 사업에 직접 쓰는 소프트웨어는 공제 대상이고 기본공제율은 일반 설비와 같은 10%입니다. 다만 인사·급여·회계·재무 같은 지원업무용, 문서·도표·발표자료 작성 같은 일반 사무용, 컴퓨터 운영체제(OS) 소프트웨어는 빠집니다(조세특례제한법 시행규칙).
Q. 금융리스로 들여온 기계도 공제되나요?
A. 네, 금융리스로 들여온 자산은 공제 대상이고 그 밖의 리스(운용리스 등)로 빌린 자산은 빠집니다. 조세특례제한법 시행령이 공제에서 제외하는 리스를 금융리스를 제외한 리스로 정하고 있으므로, 리스 계약서에 금융리스로 분류돼 있는지 먼저 확인하세요.
Q. 정부 보조금을 받아 산 설비는 전액 공제되나요?
A. 아니요, 국가·지자체·공공기관에서 받은 출연금 등으로 투자한 금액은 투자금액에서 빼고 계산합니다. 3,000만원짜리 설비를 사면서 보조금 1,000만원을 썼다면 중소기업 일반 설비 기준 기본공제는 2,000만원의 10%인 200만원입니다(추가공제 별도). 정책자금 융자로 샀다면 국가 등이 지원한 이자 상당액이 빠집니다.
Q. 직원 기숙사나 휴게실 공사도 공제되나요?
A. 네, 건축물은 원칙적으로 빠지지만 종업원용 기숙사·휴게실·체력단련실·직장어린이집 같은 근로자복지 시설과 에너지절약·환경보전·안전시설은 예외로 공제 대상에 들어갑니다(조세특례제한법 시행규칙). 중소기업이면 기본공제율 10%이고, 무주택 종업원에게 빌려주는 국민주택 규모 주택도 포함되지만 출자자인 임원에게 빌려주는 주택은 빠집니다.
✅ 신청 전 확인할 것
- 우리 업종이 소비성서비스업·부동산임대업에 해당하지 않는지
- 설비 대금 지급이나 설치 진행이 12월 31일 이전에 이뤄지는지
- 공제받을 설비를 사후관리 기간(일반 설비 2년, 건축물·구축물 5년) 안에 다른 용도로 쓸 계획이 없는지
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본 글은 2026년 11월 기준으로 작성했으며, 최신 금액·자격·기간은 공식 사이트에서 확인하세요.