📌 3줄 핵심 요약
- 대상: 2021~2025년 귀속 주식 양도세를 신고하며 양도소득 기본공제(연 250만원)를 빠뜨려 세금을 더 낸 사람
- 환급: 주식 양도세 기본공제 누락분을 국세청이 신청 없이 직권 환급 — 이번 직권 환급은 4,687명·21억 원(1인 최대 79만 원, 환급가산금 포함)
- 확인: 홈택스 「환급금 상세조회」에서 조회·계좌 지급신청, 직권 환급에서 빠진 신고분은 경정청구 (2026년 11월 기준)
주식 양도소득세를 신고하면서 양도소득 기본공제 250만원을 빼지 않아 세금을 더 낸 사람은 따로 신청하지 않아도 국세청이 2026년 11월 3일 환급했으니, 홈택스에서 돈이 들어왔는지부터 확인하면 됩니다. 대상은 2021~2025년 귀속 신고분이고, 계좌가 없어 아직 못 받은 돈도 찾아가는 길이 있습니다. 직권 환급에서 빠진 신고분이 있다면 더 낸 세금을 직접 돌려달라고 하는 경정청구로 해결합니다.
주식 양도세 기본공제 누락 환급, 누가 받았나요?
주식 양도세 기본공제 누락 환급은 2021~2025년 귀속 주식 양도소득세 신고서에서 기본공제(세금을 매기기 전 소득에서 빼 주는 금액)를 빠뜨려 세금을 더 낸 납세자 4,687명이 받았고, 금액은 모두 21억 원(1인당 최대 79만 원)입니다(국세청 보도참고자료, 2026년 11월 기준). 국세청이 신고 내용을 직접 검토해 누락된 250만원을 반영한 뒤 11월 3일에 환급했습니다.
주식을 판 사람이 모두 대상은 아닙니다. 국세청은 이미 기본공제를 받았거나, 공제를 반영해도 돌려줄 세액이 없는 신고분은 해당하지 않는다고 밝혔습니다. 주식 양도세는 반기별 예정신고(국내주식)와 다음 해 확정신고(국외주식·손익 통산)를 따로 거치는 구조라, 기본공제를 몰랐거나 착오로 빠뜨린 사례가 다수 확인됐다는 것이 국세청 설명입니다.
💡 알아두세요 국세청은 주식 양도소득세 환급을 이유로 계좌 비밀번호·카드번호·인터넷뱅킹 정보를 묻거나 송금을 요구하지 않습니다. 이런 연락을 받았다면 경찰청(112)·금융감독원(1332)·한국인터넷진흥원(118)에 바로 신고하세요.
직권 환급금은 홈택스 어디에서 확인하나요?
주식 양도세 기본공제 누락 환급금은 홈택스 「납부·고지·환급금 → 환급금 상세조회」에서 확인합니다(손택스는 전체메뉴 → 납부·고지·환급금 → 국세환급 → 환급금 상세조회). 조회 기간과 조회 구분을 고르면 세목·지급일·환급금액이 표시됩니다.
이번 환급인지는 세 칸으로 가립니다. 국세청 안내에 따르면 세목이 「양도소득세」, 귀속연도가 2021~2025년, 환급결정일자가 2026년 10월이면 기본공제 누락분 환급입니다. 국세환급금통지서는 계좌 지급 대상자에게는 모바일로, 현금 지급 대상자에게는 우편으로 발송됩니다.
환급계좌가 없으면 직권 환급금을 어떻게 받나요?
주식 양도세 기본공제 누락 환급금은 국세청에 환급계좌를 신고해 둔 사람이면 별도 신청 없이 그 계좌로 입금되고, 계좌가 없으면 「환급금 상세조회」에서 [지급신청]을 눌러 본인 명의 계좌를 입력하면 됩니다. 이번 건만 받을 계좌는 지급신청에, 앞으로 계속 쓸 계좌는 「환급계좌개설(변경)신고」에 등록하는 차이가 있습니다.
계좌로 받기 어렵다면 국세환급금통지서와 신분증을 들고 우체국에서 현금으로 받을 수 있습니다. 통지서를 잃어버렸으면 홈택스에서 다시 출력하거나 가까운 세무서에서 재발급받으면 됩니다. 이렇게 찾아가지 않은 환급금이 다른 해에도 남아 있을 수 있으니, 국세 미수령 환급금 조회·청구 창구도 같은 날 함께 확인해 두면 좋습니다.
기본공제 250만원을 반영하면 세금이 얼마나 줄어드나요?
줄어드는 세금(환급 본세)은 「빼지 못한 공제액 × 적용 세율」이라, 양도소득금액이 250만원 이상이고 세율 30%가 적용된 신고라면 250만원 × 30% = 75만원입니다. 이 산식은 다른 주식의 양도차손·감면·세액공제가 없고 공제 전후 세율이 같을 때 성립하며, 양도소득금액이 250만원보다 적으면 그 소득금액만큼만 공제됩니다.
국세청이 공개한 환급 사례가 이 계산 그대로입니다. 2024년 귀속으로 중소기업 외 법인의 비상장주식(1년 미만 보유, 대주주 세율 30%)을 팔아 양도소득금액 600만 원을 예정신고하면서 공제를 빠뜨린 A씨는 아래처럼 786,110원을 돌려받았습니다.
| 구분(A씨 사례) | 기본공제 빠뜨림 | 기본공제 반영 후 |
|---|---|---|
| 양도소득금액 | 6,001,449원 | 6,001,449원 |
| 양도소득 기본공제 | 0원 | 2,500,000원 |
| 과세표준 | 6,001,449원 | 3,501,449원 |
| 양도소득세(세율 30%) | 1,800,434원 | 1,050,434원 |
| 환급 본세 + 환급가산금 | — | 750,000원 + 36,110원 |
| 돌려받은 금액 | — | 786,110원 |
출처: 국세청 「주식 양도소득 기본공제 누락분, 국세청이 먼저 찾아 돌려드립니다」 참고1 환급 사례(다른 주식 양도차손·감면·세액공제가 없는 사례)
환급가산금과 지방소득세는 어떻게 붙나요?
주식 양도세 기본공제 누락 환급금에는 환급가산금(늦게 돌려주는 기간에 붙는 이자)이 더해집니다. A씨의 36,110원은 더 낸 세금을 납부한 다음 날(2025년 4월 12일)부터 지급결정일(2026년 10월 30일)까지 567일에 연 3.1%를 적용한 국세청 계산값이라, 이율과 기간이 다른 사람은 금액도 달라집니다.
지방소득세 몫은 따로 신청하지 않아도 양도소득세 환급금이 지급되는 달의 다음 달에 그 환급금의 10%가 자동으로 돌아온다고 국세청은 안내합니다. 정확한 일정은 관할 지방자치단체 확인 사항이며, 지자체가 돌려주려 했는데 계좌가 없어 쌓여 있다면 지방세 미환급금을 계좌 등록으로 자동 입금받는 방법대로 정리하면 됩니다.
📌 이 주제, 이어서 읽기
- 💡 국세 환급금 조회 방법 — 홈택스 0원이어도 위택스에 있는 이유, 5년 지나면 소멸 → blog.yongal2.com
국내·국외 주식을 같은 해에 팔았다면 기본공제는 몇 번인가요?
주식 양도세 기본공제는 국내주식과 국외주식을 합쳐 한 해 250만원 한 번만 적용됩니다(국세청 보도참고자료 문답). 상반기 국내 비상장주식 예정신고에서 이미 250만원을 뺐다면, 다음 해 5월 국외주식 확정신고에서 다시 250만원을 빼면 중복 공제가 됩니다.
국세청은 다른 주식 신고를 확인해 중복공제를 받지 않도록 유의하라고 안내합니다. 해외 증시 주식만 거래한다면 해외주식 양도소득세 정리에서 연 250만원 공제가 적용되는 결제일 기준과 확정신고 시기를 먼저 보면 됩니다.
쓰지 못한 기본공제는 다음 해로 넘어가나요?
아니요, 양도소득 기본공제는 그해 양도소득금액에서만 빼며 남은 공제액을 다음 해로 넘길 수 없습니다. 국세청 문답의 예시대로 주식 양도소득금액이 200만 원이면 200만 원만 공제되고, 남은 50만 원은 그해로 끝납니다.
그래서 기본공제 누락 환급액도 「250만원 × 세율」로 고정되지 않고 「그해 실제로 뺄 수 있었던 금액 × 세율」로 정해집니다. 양도차손이 나 공제할 소득금액이 없던 해라면 공제를 빠뜨렸어도 돌려받을 세금이 생기지 않습니다.
부동산 양도세 기본공제와 주식 기본공제는 따로 받습니다
같은 해에 집이나 땅을 팔아 부동산 쪽에서 기본공제 250만원을 받았더라도, 주식 양도소득금액에서 다시 연 250만원을 공제받을 수 있습니다. 소득세법 제103조(2026년 1월 1일 시행본)는 “양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다.”고 정해 자산을 네 묶음으로 나눕니다.
| 공제 묶음 1 | 토지·건물·부동산 권리·기타자산 — 연 250만원(미등기 양도자산 제외) |
|---|---|
| 공제 묶음 2 | 주식등(국내·국외 합산) — 연 250만원 |
| 공제 묶음 3 | 파생상품등 — 연 250만원 |
| 공제 묶음 4 | 신탁 수익권 — 연 250만원 |
같은 묶음 안에서는 감면받는 소득금액이 아닌 쪽에서 먼저, 그중에서도 그해 먼저 판 자산의 양도소득금액부터 순서대로 공제합니다(같은 조 제2항). 그래서 한 해에 주식을 여러 번 나눠 팔았다면 먼저 판 주식의 신고에서 공제가 빠지지 않았는지가 핵심입니다.
직권 환급에서 빠졌다면 경정청구는 언제까지 하나요?
주식 양도세 기본공제 누락분을 직권 환급받지 못했는데 신고서의 공제 칸이 0원이라면, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2(2026년 10월 2일 시행본)는 신고한 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액을 넘을 때 “법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.”고 정합니다.
확정신고를 한 투자자의 법정신고기한은 다음 해 5월 31일입니다(소득세법 확정신고 조항, 2026년 1월 1일 시행본). 예를 들어 2021년 귀속분을 2022년 5월에 확정신고했다면 2027년 5월 31일까지가 경정청구 기한이고, 2020년 이전 귀속분은 이미 5년이 지났습니다. 예정신고만으로 마친 국내주식 분은 기산점 판단이 달라질 수 있으니 국세상담센터(126)에서 확인하세요.
받지 않은 국세환급금은 5년이 지나면 사라집니다
주식 양도세 기본공제 누락분을 돌려받기로 결정됐어도, 그 환급금을 받을 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년이 지나면 사라집니다. 국세기본법 제54조(2026년 10월 2일 시행본)는 “납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.”고 정합니다.
소멸시효(권리가 사라지는 기한)는 세무서장이 보내는 환급청구 안내·통지만으로는 중단되지 않는다는 것도 같은 조문의 규정입니다. 조회 화면에 아직 받지 않은 환급금이 보이면 안내를 기다리지 말고 바로 지급신청을 해 두세요.
다음 신고 때 기본공제를 놓치지 않으려면 무엇을 확인하나요?
주식 양도세 기본공제는 신고서에서 과세표준을 계산할 때 빼는 항목이라, 그 칸을 비워 두면 그만큼 세금이 더 계산됩니다. 국세청은 4,687명 직권 환급을 알린 11월 3일 보도참고자료에서 공제 누락분 경정청구가 적었던 점을 직권 환급의 배경으로 들고 신고 시스템 개선을 예고했지만, 그 전까지는 신고서의 공제 칸을 본인이 확인해야 합니다.
과세 대상 국내주식은 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 예정신고하고, 국외주식 신고와 국내·국외 손익 통산은 다음 해 5월 확정신고에서만 할 수 있습니다(소득세법 예정신고 조항, 국세청 보도참고자료). 같은 해 국내주식을 두 번 이상 팔고 소득금액을 합산 신고하지 않았다면 확정신고를 따로 해야 해, 공제가 어느 신고에 들어갔는지 엇갈리기 쉽습니다.
주식을 들고 있으며 받는 배당은 양도소득이 아니라 금융소득이라 이 기본공제와는 따로 계산됩니다. 배당이 이자와 합쳐 얼마부터 종합과세로 넘어가는지는 금융소득종합과세 기준과 고배당 배당 분리과세 선택에서 따로 정리했습니다.
주식 양도세 경정청구 신청 순서
주식 양도세 기본공제 누락분을 스스로 청구할 때는 지난 신고서를 확인한 뒤 경정청구서를 내고, 결정이 나면 환급금을 받는 순서로 진행합니다.
- 홈택스에 로그인해 해당 연도 양도소득세 신고 내역을 열고 「양도소득 기본공제」 칸이 0원인지 확인합니다.
- 그해 다른 주식 신고(국내 예정신고·국외 확정신고)에서 이미 공제를 받았는지 대조합니다 — 이미 받았다면 청구 대상이 아닙니다.
- 기본공제를 반영한 과세표준·세액으로 경정청구서를 작성해 홈택스로 제출하거나 관할 세무서에 냅니다. 신고서 사본과 매매 내역을 함께 준비하면 보완 요청을 줄일 수 있습니다.
- 환급이 결정되면 「환급금 상세조회」에서 계좌 지급신청을 하거나 통지서를 들고 우체국에서 받습니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 안내 문자를 받지 못했다면 직권 환급 대상이 아닌가요?
A. 아니요, 안내 문자를 받았는지와 상관없이 대상 여부는 홈택스 조회로 확인됩니다. 국세청은 2026년 11월 3일 자료에서 문자 수신 여부와 관계없이 이미 지급된 환급금과 아직 받지 못한 환급금을 모두 조회할 수 있다고 안내했습니다.
Q. 경정청구를 하면 결과는 언제 알 수 있나요?
A. 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 통지해야 합니다(국세기본법 제45조의2 제3항). 2개월 안에 아무 통지를 받지 못하면 그다음 날부터 통지 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다.
Q. 국내 상장주식을 증권시장에서 사고판 소액주주도 대상인가요?
A. 아니요, 대주주가 아닌 사람이 증권시장에서 판 국내 상장주식은 주식 양도소득세 과세 대상이 아니어서 기본공제 누락 환급도 생기지 않습니다. 소득세법은 상장주식 중 대주주가 판 주식과 증권시장 밖에서 판 주식을 과세 대상으로 정하고 있습니다.
Q. 부부가 각자 주식을 팔면 기본공제도 각자 받나요?
A. 네, 양도소득 기본공제는 양도소득이 있는 거주자 한 사람마다 적용돼 부부가 각자 명의로 판 주식이면 각자 연 250만원씩 공제됩니다. 소득세법 제103조가 공제 대상을 「양도소득이 있는 거주자」로 정하고 있기 때문입니다.
✅ 신청 전 확인할 것
- 예전 환급계좌가 해지됐다면 홈택스에 본인 명의 새 계좌를 등록했는지
- 양도소득세 환급 다음 달에 지방소득세 10%가 들어왔는지
- 내년 국외주식 확정신고 때 그해 국내 예정신고 공제와 겹치지 않는지
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본 글은 2026년 11월 기준으로 작성했으며, 최신 금액·자격·기간은 공식 사이트에서 확인하세요.