대학원 등록금 세액공제 15%, 본인은 한도 없이 — 배우자·자녀는 불가

대학원 등록금 세액공제는 근로소득이 있는 직장인이 자기 대학원 수업료·입학금을 냈을 때, 그 금액의 15%를 한도 없이 세금에서 빼 주는 교육비 세액공제입니다(국세청 「교육비 세액공제」 안내, 2026년 11월 조회 기준). 일하면서 야간·주말 대학원을 다니는 분이라면 등록금 규모가 커서, 연말정산에서 이 항목 하나로 결정세액이 크게 달라질 수 있습니다. 다만 회사 지원금·장학금·학자금대출이 섞이면 공제 대상 금액이 달라지니 아래 순서대로 확인해 보세요.

대학원 등록금 세액공제, 누가 받을 수 있나요?

대학원 등록금 세액공제는 근로소득이 있는 사람이 자기 자신의 대학원 등록금을 냈을 때만 받습니다. 국세청 「교육비 세액공제」 안내는 본인 교육비를 ‘한도 없음’으로 두고, 부양가족 대학생은 1명당 연 900만원 한도를 주면서 ‘대학원생은 공제대상 아님’으로 따로 적어 두었습니다.

그래서 맞벌이 배우자나 성인 자녀의 대학원 등록금을 대신 내 줘도 내 연말정산에는 넣을 수 없습니다. 자녀가 아직 학부생이라면 사정이 달라서, 부모가 대학생 자녀 등록금 교육비 세액공제를 1명당 연 900만원 한도 안에서 받을 수 있습니다.

근로소득 없이 사업소득만 있는 프리랜서·개인사업자는 이 대학원 등록금 세액공제를 받지 못합니다. 공제 조문이 ‘근로소득이 있는 거주자’를 대상으로 정하고 있기 때문이며(소득세법 제59조의4 제3항, 2026년 1월 1일 시행), 성실사업자 요건을 갖춘 사업자만 조세특례제한법의 별도 특례로 교육비 세액공제를 받습니다.

교육비를 낸 대상	공제 대상 금액 한도	대학원 등록금
근로자 본인	한도 없음	공제 대상
부양가족 대학생	1명당 연 900만원	해당 없음(학부만)
부양가족 취학 전·초·중·고	1명당 연 300만원	해당 없음
배우자·자녀 대학원생	—	공제 대상 아님

출처: 국세청 「교육비 세액공제」 안내

얼마나 돌려받나요? 대학원 등록금 세액공제 계산

대학원 등록금 세액공제액은 실제로 낸 등록금(장학금 등을 뺀 금액)에 15%를 곱한 값이며, 국세청 안내대로 2026년 11월 기준 본인 몫에는 상한이 없습니다. 한 해 등록금이 1,000만원이고 학교 장학금으로 200만원을 감면받았다면 이렇게 계산합니다.

계산례: (등록금 1,000만원 − 장학금 200만원) × 15% = 120만원 세액공제
성립 전제: 이 공제를 빼기 전 남은 산출세액(보험료·의료비·교육비 공제는 근로소득분)이 120만원 이상일 때

교육비 같은 특별세액공제를 신청하면, 특별소득공제·특별세액공제·월세 세액공제를 신청하지 않은 근로자에게 주는 표준세액공제(신청 없이 일괄로 빼 주는 정액 공제) 연 13만원은 받지 않게 됩니다(소득세법 제59조의4 제9항). 다른 특별공제가 없다면 공제 대상 등록금이 약 87만원(13만원 ÷ 15%로 계산)을 넘는 지점부터 교육비 공제가 더 커지고, 의료비·보험료까지 합쳐 어느 쪽이 나은지는 표준세액공제와 특별공제 비교로 가늠할 수 있습니다.

회사 학자금이나 장학금을 받았다면 얼마를 빼나요?

대학원 등록금 세액공제는 학교 장학금과 회사에서 비과세로 받은 학자금을 뺀, 내 돈으로 실제 낸 금액에만 적용됩니다. 국세상담센터 「연말정산 자주묻는 Q&A」(2026년 11월 조회 기준)는 등록금 일부를 장학금으로 받았으면 그 감면액을 뺀 실제 납부금액만 공제받는다고 안내합니다.

회사 지원금이 비과세 학자금이 되려면 소득세법 시행령(2026년 10월 1일 시행본)이 정한 세 가지를 모두 갖춰야 합니다.

• 다니는 회사의 업무와 관련 있는 교육·훈련을 위해 받는 돈일 것
• 회사 규칙 등으로 정해 둔 지급기준에 따라 받는 돈일 것
• 교육·훈련기간이 6개월 이상이면, 끝난 뒤 그 기간만큼 근무하지 않을 때 돌려준다는 조건이 붙어 있을 것

세 요건을 갖춘 학자금은 처음부터 근로소득에 세금이 붙지 않는 돈이라, 그 돈으로 낸 등록금은 교육비 공제에서도 빠집니다. 근로소득 원천징수영수증의 비과세소득 칸에 학자금이 월 20만원 식대 비과세처럼 따로 잡혀 있는지 보면 회사 지원분이 비과세였는지 판단할 수 있습니다.

학자금대출로 낸 대학원 등록금은 언제 공제하나요?

학자금대출로 낸 등록금도 대학원 등록금 세액공제를 받을 수 있고, 낸 해와 갚는 해 가운데 한 쪽을 골라 공제합니다. 국세상담센터 Q&A는 대학원생인 근로자가 학자금대출로 교육비를 냈다면 납부할 때 또는 상환할 때를 선택해 공제받는다고 안내합니다.

낸 해에 받으려면 학교에서 교육비 납입증명서를 직접 발급받아 회사에 내야 합니다. 간소화 서비스에는 학교가 제출한 대로 등록금에서 학자금대출을 뺀 금액만 조회되기 때문에, 조회 화면만 믿으면 대출로 낸 부분이 통째로 빠집니다.

갚는 해를 고르면 매년 갚은 원리금이 그해 교육비가 되는데, 대상 대출이 등록금 대출로 한정되고 생활비 대출 상환분은 빠진다는 점은 학자금대출 상환액 세액공제와 같은 기준입니다. 같은 등록금을 낸 해와 갚는 해에 두 번 넣지 않도록, 처음 공제받은 해를 메모해 두는 편이 안전합니다.

입사 전·휴직 중에 낸 등록금도 대학원 등록금 세액공제가 되나요?

휴직 중에 낸 대학원 등록금은 공제되지만, 입사 전이나 퇴사 후에 낸 등록금은 공제되지 않습니다. 교육비 세액공제는 근로기간에 지출한 금액만 대상이고 휴직기간은 근로기간에 포함된다는 것이 국세상담센터 Q&A의 판정입니다.

예를 들어 2026년 3월에 입사했다면 그 전 2월에 낸 1학기 등록금은 2026년 귀속 연말정산에 넣을 수 없고, 입사 뒤에 낸 2학기 등록금만 대상이 됩니다. 반대로 육아휴직·질병휴직처럼 회사에 적을 둔 채 쉬는 동안 낸 등록금은 그대로 공제 대상입니다.

연도 중간에 퇴사했다면 퇴사일 전에 낸 등록금까지만 남고, 퇴사 뒤 새 학기에 낸 금액은 그해 근로기간 밖이라 빠집니다. 이직 사이 공백 기간에 등록금을 냈다면 그 납부일이 어느 회사의 근무기간에도 걸리지 않는지 날짜부터 대조해 보세요.

대학원 등록금 중 공제되는 비용과 빠지는 비용

대학원 등록금 세액공제에 들어가는 돈은 수업료·입학금과 그 밖의 공납금이고, 교재비·기숙사비·생활비는 들어가지 않습니다. 소득세법 시행령(2026년 10월 1일 시행본)이 교육비로 열거한 항목은 수업료·입학금·보육비용·수강료와 그 밖의 공납금 등이며, 교과서대금은 초·중·고 학교에서 산 것만 적혀 있습니다.

본인 교육비의 범위를 정한 소득세법 제59조의4 제3항은 본인 몫으로 “대학(전공대학, 원격대학 및 학위취득과정을 포함한다) 또는 대학원의 1학기 이상에 해당하는 교육과정과 「고등교육법」 제36조에 따른 시간제 과정에 지급하는 교육비”를 적고 있습니다. 그래서 학위과정 정규 등록이 아니어도, 본인이라면 시간제 등록이나 학점은행제 같은 학위취득과정 수업료까지 공제 대상에 들어갑니다.

본인 대학원 관련 지출	공제 여부	근거
수업료·입학금	공제	소득세법 시행령
그 밖의 공납금(학교 납부금)	공제	소득세법 시행령
시간제 과정·학점은행제 수업료	공제	소득세법 제59조의4
학교 장학금으로 감면된 금액	제외	국세상담센터 Q&A
비과세 회사 학자금으로 낸 금액	제외	소득세법 제59조의4
교재비·기숙사비·생활비	제외(열거 항목 아님)	소득세법 시행령

작년에 빠뜨린 대학원 등록금은 올해 넣으면 되나요?

아니요, 지난해 낸 등록금은 올해 대학원 등록금 세액공제에 넣을 수 없고, 낸 해의 귀속분을 경정청구(이미 신고한 세금을 다시 계산해 돌려 달라고 청구하는 절차)로 바로잡아야 합니다. 국세상담센터는 2024년 연말정산에서 빠진 본인 대학원 등록금을 2025년 연말정산에서 공제할 수 없고, 2024년 귀속분 경정청구로 반영한다고 국세상담센터 연말정산 Q&A에서 안내합니다.

경정청구는 홈택스에서 귀속연도를 골라 신청하며, 청구할 수 있는 기한이 있으니 귀속연도별 기한은 홈택스나 관할 세무서에서 먼저 확인하세요.

올해분은 해가 바뀌기 전에 정리해 두는 편이 빠릅니다. 연말정산 미리보기로 예상 세액을 먼저 확인해 두면, 대학원 등록금 공제액(실제 납부액 × 15%)이 남은 산출세액 안에 들어오는지 가늠하기 쉽습니다.

대학원 등록금 세액공제 받는 순서

대학원 등록금 세액공제는 2027년 초 회사 연말정산 때 교육비 자료를 내면 적용되고, 자료는 간소화 서비스 조회분이나 학교 교육비 납입증명서로 준비합니다. 국세청 「교육비 세액공제」 안내도 구비 서류를 교육비 납입증명서로 정하고, 연말정산 간소화 서비스에서 조회할 수 있다고 적고 있습니다.

1. 학교 장학금 감면액과 회사 학자금 지원액(비과세 여부 포함)을 모아 실제 납부액을 계산합니다.
2. 간소화 서비스에서 교육비 자료를 조회하고, 학자금대출 납부분처럼 빠진 금액이 있으면 학교에서 교육비 납입증명서를 발급받습니다.
3. 회사 연말정산 화면의 교육비 항목에 ‘본인’ 대학원 교육비로 입력하고 증빙을 제출합니다.
4. 연말정산이 끝난 뒤 누락을 발견했다면 홈택스에서 해당 귀속연도 경정청구를 신청합니다.

제출 전에 아래 서류가 갖춰졌는지 한 번에 점검해 두면 회사 담당자가 되돌려 보내는 일을 줄일 수 있습니다.

• 교육비 납입증명서(간소화 서비스 조회분 또는 학교 발급분)
• 학교 장학금 수혜 내역(감면액 확인용)
• 회사 학자금 지원 내역과 비과세 처리 여부
• 학자금대출 내역(낸 해 공제를 고를 때)

👉 국세청 홈택스 바로가기

자주 묻는 질문 (FAQ)

본 글은 2026년 11월 기준으로 작성했으며, 최신 금액·자격·기간은 공식 사이트에서 확인하세요.