난임시술비 세액공제 30%, 700만원 한도 없어도 총급여 3%는 넘어야

난임시술비 세액공제는 연말정산 의료비 공제 가운데 공제율이 가장 높은 항목으로, 일반 의료비 15%의 두 배인 30%를 적용하고 부양가족 일반 의료비에 걸리는 연 700만원 한도도 두지 않습니다. 다만 의료비 전체가 총급여의 3%를 넘어야 공제가 시작되고, 실손보험금이나 정부 지원금으로 결제된 금액은 빠집니다. 부부 중 누가 결제하느냐에 따라 3% 문턱이 달라지니, 맞벌이 부부가 의료비를 어느 쪽으로 모을지도 함께 따져 볼 만합니다(국세청 「특별세액공제」 안내·국가법령정보센터 「소득세법」, 2026년 10월 조회 기준).

난임시술비 세액공제, 얼마를 돌려받나요?

난임시술비 세액공제는 공제 대상 금액의 30%를 그해 근로소득 산출세액에서 빼 줍니다. 국세청 「특별세액공제」 안내는 의료비를 네 갈래로 나눠, 일반 기본공제대상자 의료비는 연 700만원 한도에 15%, 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 의료비는 한도 없이 15%, 미숙아·선천성이상아 의료비는 한도 없이 20%, 난임시술비는 한도 없이 30%를 적용한다고 안내합니다.

공제율 차이를 금액으로 바꾸면 체감이 큽니다. 공제 대상 금액 100만원마다 일반 의료비는 세금이 15만원, 난임시술비는 30만원 줄어듭니다(공제 대상 금액 = 총급여 3% 문턱을 넘긴 뒤 남은 금액). 체외수정 시술을 여러 차례 받아 본인부담이 수백만원을 넘어도 700만원 같은 상한에 막히지 않는 것이 이 항목의 장점입니다.

난임시술비 세액공제 30%는 어떤 비용에 붙나요?

난임시술비 세액공제는 「모자보건법」상 보조생식술 비용과, 그 시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비에만 적용됩니다. 소득세법 시행령은 공제 대상 난임시술을 보조생식술로 정하고, 「모자보건법」은 보조생식술을 “임신을 목적으로 자연적인 생식과정에 인위적으로 개입하는 의료행위로서 인간의 정자와 난자의 채취 등 보건복지부령으로 정하는 시술”로 규정합니다(국가법령정보센터 「모자보건법」·「소득세법 시행령」, 2026년 10월 조회 기준). 흔히 말하는 시험관(체외수정)·인공수정 시술 비용이 여기에 해당하는지는 병원 영수증의 진료 구분으로 확인합니다.

시술 때 처방받은 주사·약값도 30%에 들어가나요?

난임시술비 세액공제에는 처방받은 약값도 들어갑니다. 「소득세법」은 난임시술과 관련해 처방받은 약을 난임시술 비용에 넣으면서 그 범위를 “의약품 구입비용을 포함한다”고 괄호로 적어 두었습니다. 그래서 과배란 주사처럼 시술 과정에서 의사가 처방해 약국에서 산 약도 같은 난임시술비 칸에 들어가며, 약국 영수증을 시술 영수증과 함께 챙겨 두면 됩니다.

보조생식술이 아닌 난임 검사·한의원 치료는 몇 %인가요?

보조생식술이 아닌 검사·치료비는 난임시술비 세액공제 30%가 아니라 일반 의료비 15%로 계산합니다. 시행령이 30% 대상을 보조생식술로 한정하고, 의료기관에 낸 진찰·치료비와 치료용 의약품(한약 포함)은 일반 의료비로 정하고 있기 때문입니다. 시술 전 받는 가임력 검사도 같은 원리로, 임신 사전건강관리 지원으로 검사비 일부를 받았다면 지원받은 금액을 뺀 본인 부담분만 일반 의료비로 넣습니다.

비용	공제율 판정	근거
보조생식술 시술비(본인 부담분)	30%, 한도 없음	「소득세법」·시행령
시술 관련 처방 의약품	30%, 한도 없음	「소득세법」 괄호 규정
보조생식술이 아닌 난임 검사·진료	일반 의료비 15%	소득세법 시행령
한의원 난임 치료·한약	일반 의료비 15%	소득세법 시행령
실손보험금으로 보전받은 금액	공제 제외	시행령·국세청 안내
정부 지원금으로 병원에 지급된 금액	공제 제외(본인 부담 아님)	시행령(직접 부담분만)

실손보험금·정부 지원금으로 낸 돈도 공제되나요?

실손보험금이나 정부 지원금으로 메워진 금액은 난임시술비 세액공제에서 빠집니다. 소득세법 시행령은 공제 대상 의료비를 “해당 근로자가 직접 부담하는” 의료비로 정하고, 보험회사에서 받은 실손의료보험금은 제외한다고 적고 있습니다.

정부 지원도 같은 기준입니다. 난임부부 시술비 지원으로 병원에 지급된 금액은 본인이 직접 낸 돈이 아니므로 빠지고, 지원 뒤 남은 본인부담금과 비급여 중 본인이 결제한 금액만 공제 대상에 넣습니다.

그 밖에 국세청 「특별세액공제」 안내가 의료비로 공제되지 않는다고 꼽는 비용에는 간병인에게 지급한 비용, 미용·성형 수술 비용, 그리고 본인부담상한제로 돌려받은 사후환급금이 있습니다. 상한제 환급금을 받은 해에는 그만큼을 의료비에서 빼고 계산해야 공제액이 맞습니다.

총급여 3% 문턱은 어느 의료비에서 먼저 빠지나요?

총급여 3% 문턱은 일반 의료비부터 채우고, 난임시술비는 맨 마지막에 깎입니다. 「소득세법」 제59조의4 제2항은 일반 기본공제대상자 의료비(1호), 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 등 의료비(2호), 미숙아·선천성이상아 의료비(3호), 난임시술비(4호) 순으로 번호를 매기고, 난임시술비에 대해 “제1호부터 제3호까지의 의료비 합계액이 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액을 뺀다”고 정합니다(국가법령정보센터 「소득세법」 제59조의4).

공제율이 낮은 일반 의료비가 문턱을 먼저 메우니, 공제율이 가장 높은 난임시술비는 문턱에 덜 잘립니다. 같은 해 가족의 일반 진료비가 문턱(총급여 3%)을 혼자 넘기면 난임시술비는 한 푼도 깎이지 않고 전액에 30%가 붙습니다. 반대로 그해 의료비가 난임시술비뿐이면 문턱 금액 전부가 난임시술비에서 빠집니다.

총급여 5,000만원이면 난임시술비 세액공제는 얼마인가요?

총급여 5,000만원 근로자가 본인 난임시술비 600만원을 내고 배우자 진료비 50만원이 있으면, 난임시술비 세액공제는 150만원입니다. 실손보험금·정부 지원금을 뺀 뒤 본인이 직접 낸 금액이라고 가정하고 「소득세법」의 공제 순서대로 계산하면 다음과 같습니다.

• 문턱: 총급여 5,000만원 × 3% = 150만원
• 배우자 일반 진료비 50만원이 문턱을 먼저 채움 → 문턱 잔여 100만원, 일반 의료비 공제액 0원
• 난임시술비 공제 대상: 600만원 − 100만원 = 500만원
• 세액공제: 500만원 × 30% = 150만원

한 줄 산식으로는 (난임시술비 600만원 − (총급여 3% 150만원 − 다른 의료비 50만원)) × 30% = 150만원입니다. 이 값은 이 공제를 빼기 전 남은 산출세액(의료비 공제는 근로소득분)이 150만원 이상일 때 그대로 성립합니다. 같은 500만원에 일반 의료비 15%를 적용했다면 75만원이었으니, 공제율 차이만으로 75만원이 더 줄어드는 셈입니다.

부부 중 누가 난임시술비 세액공제를 받나요?

난임시술비 세액공제는 시술받은 사람이 아니라 비용을 실제로 지급한 근로자가 받습니다. 「소득세법」은 근로소득이 있는 거주자가 “기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)”를 위해 의료비를 지급한 경우 공제한다고 적고 있어, 소득이 있는 아내의 시술비를 남편 카드로 결제했다면 남편이 공제받을 수 있습니다. 같은 비용을 부부가 나눠 이중으로 넣을 수는 없습니다.

일용근로자는 이 조항에서 빠지고, 근로소득 없이 사업소득만 있는 사람도 이 조항의 공제 대상이 아닙니다. 시술받은 아내가 휴직 등으로 그해 근로소득이 없다면, 근로소득이 있는 배우자가 결제해 공제받는 방식만 남습니다.

총급여가 낮은 쪽이 결제하면 더 유리한가요?

난임시술비를 총급여가 낮은 쪽이 결제하면 3% 문턱은 낮아지지만, 그 사람의 산출세액이 공제액보다 작으면 남는 공제는 사라집니다. 문턱 차이와 각자의 남은 산출세액 두 값을 함께 확인했을 때만 어느 쪽이 유리한지 판단할 수 있습니다. 총급여 4,000만원과 6,000만원 부부라면 문턱은 각각 120만원과 180만원으로 60만원 차이가 나고, 그 60만원에 30%를 곱한 18만원이 문턱에서 생기는 최대 차이입니다.

난임시술비 세액공제와 미숙아·산후조리원 의료비 비교

난임시술비 세액공제는 출산 전후 의료비 가운데 공제율이 가장 높고, 출산 뒤에는 미숙아 의료비 20%와 산후조리원 비용 공제가 이어집니다. 아래 표는 국세청 「특별세액공제」 안내의 의료비 구분표를 옮긴 것입니다.

의료비 구분	대상금액 한도	공제율
일반 기본공제대상자	연 700만원	15%
본인·6세 이하·65세 이상·장애인	한도 없음	15%
미숙아·선천성이상아	한도 없음	20%
난임시술비	한도 없음	30%

같은 안내는 산후조리원 비용을 출산 1회당 200만원 한도로 의료비에 넣는다고 덧붙입니다. 시술 후 출산까지 이어졌다면 같은 해 의료비 명세에 산후조리원 비용 세액공제도 함께 넣을 수 있고, 산후조리원 비용 역시 결제한 사람이 공제받는 의료비입니다.

놓친 난임시술비 세액공제, 다시 받을 수 있나요?

연말정산에서 난임시술비를 빠뜨렸거나 일반 의료비로 잘못 넣었다면 경정청구로 차액을 돌려받을 수 있습니다. 연말정산만 한 근로자는 연말정산세액 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 청구하면 됩니다(국가법령정보센터 「국세기본법」, 2026년 10월 조회 기준).

경정청구는 홈택스에서 할 수 있고, 병원에서 받은 난임시술비 영수증과 처방 약국 영수증, 실손보험금 지급 내역을 함께 준비해 두면 차액 계산이 빨라집니다. 이미 30%로 받은 금액을 다시 넣는 것이 아니라 빠진 금액이나 공제율 차이만 바로잡는 절차입니다.

난임시술비 세액공제 받는 순서

난임시술비 세액공제는 연말정산 때 의료비 명세에서 난임시술비를 따로 구분해 회사에 내면 적용됩니다. 순서는 아래와 같습니다.

1. 연말정산 간소화 자료가 열리면 홈택스에서 의료비 내역을 내려받고, 난임 병원 결제분이 난임시술비로 구분돼 있는지 확인합니다.
2. 일반 의료비로만 잡혀 있으면 병원 원무과에 난임시술비가 구분된 의료비 영수증을 요청합니다. 이때 “보조생식술 시술비로 구분해 달라”고 말하면 됩니다.
3. 시술 관련 처방약은 약국 영수증을 따로 모읍니다.
4. 실손보험금을 받은 금액과 정부 지원금으로 결제된 금액을 빼고 본인 부담분만 남깁니다.
5. 결제한 사람(부부 중 1명)의 연말정산 공제신고서 의료비 명세에 난임시술비로 적어 회사에 제출합니다.

준비서류는 다음 세 가지면 충분합니다.

• 난임시술비로 구분된 의료비 영수증(병원 발급)
• 시술 관련 처방 의약품 약국 영수증
• 실손보험금 지급 내역서(받은 경우)

회사 담당자가 보완을 요청하는 흔한 경우는 실손보험금을 빼지 않았거나, 부부가 같은 영수증을 각자 넣었을 때입니다.

👉 국세청 홈택스 바로가기(연말정산·경정청구 메뉴)

자주 묻는 질문 (FAQ)

본 글은 2026년 10월 기준으로 작성했으며, 최신 금액·자격·기간은 공식 사이트에서 확인하세요.