전자세금계산서 발급세액공제 총정리 — 건당 200원, 3억 미만 개인사업자

전자세금계산서 발급세액공제는 직전 연도 공급가액(부가세를 뺀 판매 금액)이 3억원 미만인 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하고 기한 안에 국세청에 전송하면, 발급 건당 200원을 부가가치세 납부세액에서 빼 주는 세액공제입니다. 한 해 공제 한도는 100만원이고 2027년 12월 31일 발급분까지 적용됩니다(부가가치세법 2026년 1월 2일 시행본·같은 법 시행령 2026년 4월 1일 시행본 기준). 세금계산서를 자주 끊는 사장님이라면 1년 치가 수십만 원이 되지만, 신고서에 적어야만 빠집니다.

카드 매출이 많은 가게라면 신용카드 매출세액공제도 카드·현금영수증 매출에 붙는 공제라 함께 챙기세요. 국세청 신고안내의 세액 계산 흐름에서 두 공제는 ‘경감·공제세액’ 묶음에 나란히 더해지는 항목입니다.

전자세금계산서 발급세액공제, 누가 받을 수 있나요?

전자세금계산서 발급세액공제는 직전 연도 사업장별 공급가액 합계가 3억원 미만인 개인사업자와, 올해 처음 사업을 시작한 개인사업자가 받습니다. 부가가치세법 시행령(2026년 4월 1일 시행본)은 이 3억원에 면세공급가액(부가세가 붙지 않는 면세 품목·용역의 매출)까지 더해 판정하도록 정하고 있고, 법인사업자는 매출 규모와 상관없이 대상이 아닙니다.

올해 개업했다면 지난해 실적이 없어도 첫해부터 공제를 받습니다. 창업 자금이 필요한 청년 사장님이라면 청년전용창업자금의 금리·한도도 볼 만한데, 빌린 돈은 갚아야 하고 연체하면 신용도가 떨어지니 상환 가능한 범위에서만 쓰세요.

발급세액공제 건당 200원, 한 해 얼마까지 줄어드나요?

전자세금계산서 발급세액공제의 공제액은 ‘기한 내 전송한 발급 건수 × 200원’이고, 1기(1~6월)와 2기(7~12월)를 합쳐 연간 100만원까지입니다(2026년 11월 기준 부가가치세법). 그래서 1기 신고에서 이미 60만원을 공제받았다면 2기에는 남은 40만원까지만 들어갑니다. 개인 일반과세자라면 1기 공제는 7월 확정신고서에, 2기 공제는 다음 해 1월 확정신고서에 각각 적습니다.

• 한 해 1,500건 발급·전송: 1,500건 × 200원 = 30만원
• 한 해 5,000건 발급·전송: 5,000건 × 200원 = 100만원(연간 한도에 도달)
• 한 해 6,000건 발급·전송: 계산상 120만원이지만 연간 한도 100만원까지만 공제

위 계산례는 직접 계산한 값이며, 모든 건을 발급 다음 날까지 전송했고 이 공제를 빼기 전 남은 납부할 부가세가 각 공제액 이상일 때 성립합니다. 한도를 채우는 건수는 5,000건(100만원 ÷ 건당 200원으로 직접 계산), 월평균 약 417건(5,000건 ÷ 12개월로 직접 계산)입니다.

납부할 부가세가 0원이면 공제액은 돌려받나요?

납부할 세액이 0원이면 전자세금계산서 발급세액공제는 돌려받지 못합니다. 부가가치세법은 공제액이 이 공제를 빼기 전 납부할 세액(납부세액에서 다른 공제·감면을 반영한 금액)을 넘으면 넘는 부분을 없는 것으로 보도록 정하고 있어, 남는 공제액은 환급되지도, 다음 과세기간으로 넘어가지도 않습니다.

설비투자·수출로 환급이 나는 기간에는 이 공제를 쓸 자리가 없습니다. 그럴 땐 확정신고 전에 환급을 앞당기는 부가가치세 조기환급 요건에 해당하는지부터 확인해 보세요.

전송을 늦추면 그 건은 발급세액공제에서 빠지나요?

빠집니다. 전자세금계산서 발급세액공제는 발급일 다음 날까지 국세청에 전송한 전자세금계산서에만 적용되고, 국세청 「2026년 제1기 확정 부가가치세 신고안내 매뉴얼」(2026년 6월 발행)도 전송기한을 “전자세금계산서 발급일의 다음 날까지 국세청에 전송해야 합니다”라고 안내합니다. 예컨대 11월 2일 발급분은 11월 3일까지 전송돼야 합니다.

홈택스에서 발급하면 바로 전송되지만, 회계 프로그램·발급대행 서비스는 전송 설정을 확인해야 합니다. 같은 매뉴얼은 발급 즉시 전송해야 전송 오류로 인한 가산세 불이익이 없다고 설명합니다.

국세청 매뉴얼의 가산세 표는 발급일 다음 날이 지난 뒤 확정신고기한 안에 전송하면 공급가액의 0.3%(지연전송), 확정신고기한까지도 전송하지 않으면 0.5%(미전송)를 매기도록 정리합니다.

간이과세자도 전자세금계산서 발급세액공제를 받나요?

세금계산서 발급 의무가 있는 간이과세자(매출 규모가 작아 업종별 부가가치율로 세금을 계산하는 개인사업자)는 받습니다. 국세청 신고안내 매뉴얼은 2023년 7월 1일 이후 공급분부터 간이과세자도 같은 조건, 즉 발급 건당 200원·연 한도 100만원으로 공제받도록 개정됐다고 안내합니다.

반대로 직전 연도 공급대가(부가세를 포함한 매출)가 4,800만원 미만인 간이과세자와, 신규로 간이과세를 적용받는 첫 과세기간의 사업자는 부가가치세법상 세금계산서 대신 영수증을 발급하는 대상이라 이 공제와 관계가 없습니다. 간이과세자는 1월 1일~12월 31일이 과세기간이라 다음 해 1월 25일까지 신고하고, 상반기에 세금계산서를 발급했다면 7월 25일까지 예정부과기간분도 신고합니다(같은 매뉴얼).

의무발급 8천만원과 공제 기준 3억원은 어떻게 다른가요?

의무발급 기준(8천만원)과 전자세금계산서 발급세액공제 기준(3억원)은 따로 움직입니다. 8천만원은 ‘반드시 전자로 발급해야 하는지’, 3억원은 ‘전자로 발급하면 공제를 받는지’를 가르는 선입니다.

부가가치세법 시행령에 따르면 직전 연도 사업장별 공급가액(면세 포함) 합계가 8천만원 이상인 개인사업자는 그 다음 해 7월 1일(2기 과세기간 시작일)부터 전자세금계산서를 발급해야 하고, 의무발급자가 종이세금계산서를 발급하면 공급가액의 1% 가산세가 붙습니다(국세청 신고안내 매뉴얼). 따라서 8천만원 이상~3억원 미만 구간은 의무이면서 공제도 받는 구간이고, 8천만원 미만은 의무는 없지만 전자로 발급하면 공제 대상이 됩니다.

공제 대상과 금액은 모두 부가가치세법 시행령 제89조에 있습니다. 대상은 직전 연도 공급가액 합계 3억원 미만이거나 해당 연도 신규 개업한 개인사업자이고, 금액은 “전자세금계산서 발급 건수 당 200원을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 적혀 있습니다.

면세사업자는 전자계산서 발급 세액공제로 받습니다

면세 품목을 파는 사업자는 전자세금계산서 발급세액공제가 아니라, 종합소득세에서 빼는 전자계산서 발급 세액공제를 받습니다. 공제액·한도는 같고 기준 매출·빼는 세금·신청 시점이 다릅니다.

소득세법 제56조의3은 전자계산서 공제액을 “해당 과세기간의 사업소득에 대한 종합소득산출세액에서 공제할 수 있다”고 정합니다. 확정신고 때 공제신고서를 내야 적용됩니다.

종합소득세에서 함께 볼 공제로는 간편장부대상자가 복식부기로 장부를 쓰면 받는 복식부기 기장세액공제가 있습니다. 면세 매출이 있다면 5월 신고 때 두 공제를 함께 확인하세요.

전자세금계산서 발급세액공제가 빠지는 6가지 경우

법인이거나 매출 기준을 넘었거나, 전송·신고 서류를 빠뜨리면 공제가 빠집니다.

• 법인사업자(개인사업자만 대상)
• 직전 연도 공급가액(면세 포함) 합계가 3억원 이상인 개인사업자
• 종이세금계산서로 발급한 건
• 발급일 다음 날까지 국세청에 전송하지 않은 건
• 신고 때 전자세금계산서 발급세액공제신고서를 내지 않은 경우
• 2028년 1월 1일 이후 발급분(현행 법은 2027년 12월 31일 발급분까지)

부가가치세법 제47조는 공제받는 금액이 차감 전 납부할 세액을 넘으면 “그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다”고 정합니다. 공제액이 납부할 세액보다 크면 그 차액은 사라집니다.

이미 지난 신고에서 공제신고서를 빠뜨렸다면 바로 포기하지 마세요. 놓친 공제를 되찾는 경정청구 절차로 바로잡을 수 있는지 관할 세무서에 먼저 문의하면 됩니다.

부가세 신고 때 전자세금계산서 발급세액공제 신청하는 순서

2026년 2기(7~12월)분 전자세금계산서 발급세액공제는 2027년 1월 1일부터 25일까지 하는 확정신고에서, 신고서의 ‘경감·공제세액’ 단계에 건수를 적어 신청합니다. 개인 일반과세자는 4월·10월에 예정고지(직전 6개월 납부세액의 절반을 세무서가 고지서로 미리 걷는 것)만 받고 예정신고 의무가 없어서, 공제는 보통 1월·7월 확정신고 때 들어갑니다(국세청 신고안내 매뉴얼).

1. 홈택스 로그인 → 세금신고 → 부가가치세 신고 → 부가가치세 과세신고(일반·간이·대리납부)에서 신고서 작성으로 들어갑니다.
2. [계산서·영수증·카드] → [전자(세금)계산서 조회] → [발급목록조회]로 기한 내 전송된 건수를 세어 둡니다.
3. ‘경감·공제세액 작성하기’ 화면에서 전자세금계산서 발급세액공제를 골라 건수를 입력합니다.
4. 계산된 공제액이 연간 한도 잔액과 공제 전 납부할 세액을 넘지 않는지 본 뒤 신고서를 제출합니다.

준비물은 아래와 같습니다.

• 직전 연도 공급가액 합계(과세 매출 + 면세 매출)
• 이번 과세기간 전자세금계산서 발급·전송 건수(발급목록조회 화면)
• 같은 해 1기 신고에서 받은 공제액
• 홈택스 로그인 수단(공동·금융인증서, 간편인증 등)

👉 홈택스에서 부가세 신고·전자세금계산서 조회하기

자주 묻는 질문 (FAQ)

본 글은 2026년 11월 기준으로 작성했으며, 최신 금액·자격·기간은 공식 사이트에서 확인하세요.